تتألف شعبة حسابات الموازنة والتخطيط المالي من مسؤول الشعبة ويكون بدرجة مدير حسابات او معاون مدير حسابات وهو محاسب الجامعة ومسؤوليته مراجعة كافة المعاملات المستلمة من رئاسة الجامعة والكليات ( مشتريات, سلف, الامانات, الإيفادات داخل القطر, إيفادات خارج القطر, والمعاملات ت الاخرى قبل ارسالها الى التدقيق). يقع على عاتق شعبة الموازنة توفير الاعتماد للمعاملات قيد الانجاز ( قبل الشراء) لرئاسة الجامعة والمراكز والاقسام الاخرى و متابعة الموازنة بالنسبة لأبوابها ومعالجة العجز او الاحتياج للأبواب ذات الصرف العالي لأجراء المناقلة عليها من الابواب ذات الوفر وتجري هذه العملية ثلاث او اكثر في السنة المالية, كذلك تضم مهام الشعبة اعداد الموازنة التخمينية لرئاسة الجامعة وتوحيدها مع باقي الكليات ورفعها الى وزارة المالية سنويا ومن اهم وحدات هذه الشعبة هي / وحدة اعداد الموازنات السنوية/ الموازنة التقديرية / وحدة مراقبة التخصيصات (التخطيط المالي) تقوم الشعبة بتهيئة واعداد الموازنة التقديرية السنوية ومناقشتها مع وزارة التعليم العالي والبحث العلمي و وزارة المالية وتحديد احتياجات ومستلزمات الكليات والمراكز والاقسام التابعة للجامعة من خلال توفير التخصيصات المالية للمستلزمات السلعية والخدمية والموجودات الثابتة والصيانة. مع هناك استعدادات لاستحداث / وحدة موازنة البرامج والاداء والتي تعد انطلاقة جديدة للتطورات العمل المحاسبي والحديث في العالم.